Absolwent Wydziału Farmaceutycznego Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego, gdzie w 2006 roku obronił pracę magisterską, a w 2011 roku pracę doktorską z żywienia sportowców. Od ponad 20 lat związany ze środowiskiem sportowym, zarówno na poziomie profesjonalnym, jak i amatorskim. Obecnie wykładowca dietetyki w Wyższej Szkole Hotelarstwa i Turystyki w Gdańsku. Jest również konsultantem ds. żywienia i suplementacji czołowych polskich lekkoatletów, kolarzy, triathlonistów oraz pływaków. Projektuje również odżywki dla sportów wytrzymałościowych. Ponadto, Jakub Czaja to wielokrotny Mistrz Polski w biegach długodystansowych w kategorii juniorów, młodzieżowców i seniorów, Mistrz Europy Juniorów, zdobywca srebrnego medalu na Uniwersjadzie oraz Pucharze Europy. Członek Polskiej Kadry Olimpijskiej w latach 2001-2005. W latach 1998 – 2005 był reprezentantem Polski na Igrzyskach Olimpijskich, Mistrzostwach Świata, Mistrzostwach Europy, Pucharach Europy oraz Uniwersjadzie.
Po zakończeniu kariery sportowej w lekkiej atletyce, trenuje amatorsko triathlon, choć czasy uzyskiwane przez Kubę na dystansie HalfIronman i Ironman pokazują, że już niedługo może powalczyć o najwyższe miejsca na podium. Czas ½ Ironmana = 4:26. Czas Ironmana uzyskany w sierpniu 2012 roku w Kopenhadze to niesamowity wynik, najlepszy w tym roku wśród polskich triathlonistów na dystansie długim: 8:56:37 z pierwszym czasem biegu maratońskiego.
